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Classification methods for DNA barcoding| old_uid | 4092 |
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| title | Classification methods for DNA barcoding |
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| start_date | 2008/02/15 |
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| schedule | 11h |
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| online | no |
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| summary | Le projet international Barcode (www.barcodeoflife.org), démaré en septembre 2007, se propose de créer une très large base de données et de
développer des méthodes statistiques et biologiques permettant l'identification de l'espèce d'un individu à partir d'un "code de barres" génétique unique pour
tous les organismes vivants. Cette présentation est dédiée à l'apport des méthodes de classification non-supervisée au problème de taxonomie génétique soulevé par le projet. Plus particulièrement on s'intéresse à des cartes de
Kohonen spécifiques pour ce type de données (discrètes, en grande dimension, avec des observations identiques). Le choix de l'algorithme est doublement
justifié : d'une part, c'est une méthode qui produit une projection nonlinéaire permettant d'apprécier des distances entre les différentes classes et donc entre
les espèces et d'autre part, la classification étant non-supérvisée, des regroupements d'individus particuliers pourraient conduire à des conclusion sur
l'existence de nouvelles espèces. Plusieurs jeux de données illustreront ensuite la méthode. |
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| responsibles | Carlo, Bardet, Cottrell |
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