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Chaînes de Markov régulées pour l'analyse de séquences biologiques| old_uid | 5418 |
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| title | Chaînes de Markov régulées pour l'analyse de séquences biologiques |
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| start_date | 2008/10/17 |
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| schedule | 11h |
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| online | no |
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| summary | Nous présentons le développement, en vue de l'analyse statistique des
séquences d'ADN, de nouveaux modèles permettant de prendre en compte
l'hétérogénéité de ces séquences : les chaînes de Markov régulées (DMM pour
drifting Markov model). Afin d'éviter l'homogénéité supposé par les modèles de
Markov et de Markov cachés, nous permettons à la matrice de transition de
varier du début à la fin de la séquence. A chaque position, nous avons une
matrice de transition différente. Ces modèles peuvent être vus comme une
alternative mais aussi comme un outil complémentaire aux modèles de Markov
cachés. Nous avons considéré des dérives polynomiales ainsi que des dérives par
splines polynomiales. Nous avons estimé nos modèles de multiples manières puis
évalué la qualité de ces estimateurs avant de les utiliser en vue
d'applications telle la recherche de mots exceptionnels. Nous avons mis en
oeuvre le software DRIMM, dédié à l'estimation de nos modèles. |
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| responsibles | Carlo, Bardet, Cottrell |
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